Merzifon İlçesi Bahçelievler Mahallesinde on derslikli bina olarak yapılmıştır. Okulun ilköğretim okulu olarak açılması ve bu okula Fatih İlköğretim Okulu isminin verilmesi İl Milli Eğitim Müdürlüğü tarafından 18/11/1992 tarih ve 31153 sayılı yazı ile Milli Eğitim Bakanlığına bildirilmiştir.
Bakanlığımız İlköğretim Genel Müdürlüğü Merzifon İlçesi Fatih İlköğretim okulunun 1992-1993 öğretim yılından itibaren eğitim öğretime açılabileceği 14/12/1992 tarih ve 26617 sayılı onayla da uygun görülmüştür.
Merzifon Fatih İlköğretim Okulu Amasya Milli Eğitim Müdürlüğünün 20 Ocak 1993 tarih ve 715/2153 sayılı yazıları ve Amasya Valiliğinin olurları ile 1992-1993 öğretim yılı II. kanaat döneminde 08/02/1993 tarihinde eğitim ve öğretime açılmıştır.
Okulumuz 2012-2013 eğitim-öğretim yılından itibaren İlkokul olarak hizmet vermektedir.
Oklumuz çevresinde artan nüfus yoğunluğu dolayısı ile mevcut bina yetersiz hale gelmiş, 9 derslikli ek bina yapılmış ve 2016 yılında faaliyete geçmiştir.